2009年1月，东北师范大学教师教育研究院正式成立。下设教师教育研究所、学科教育研究所、高等教育研究所三个研究所。首任院长为东北师范大学校长刘益春教授，常务副院长为饶从满教授，副院长为孔凡哲教授。现任院长为东北师范大学副校长郭建华教授，执行院长为李广教授。

 2017年11月，根据学校事业发展需要，研究院调整内设机构和岗位设置，下设教师教育研究中心、学科教育研究中心、教师教学发展中心三大学术研究机构，设有综合办公室和教师教学发展中心办公室。

 2018年1月，原教师教育研究所更名为教师教育研究中心（含全国中小学继续教育研究中心）原学科教学研究所更名为学科教学研究中心，同教师教学发展中心划归研究院管理。2018年4月，研究院承担教育部首期“国培计划”中小学名师领航工程研修基地建设工作。2018年12月，研究院承担教育部首批“教师教育省部共建协同创新中心”建设工作。